Wie kann es sein, dass es auf der einen Seite noch heute in manchen Kirchen Orgeln gibt, die seit Jahrhunderten ihren Dienst tun, und dabei teilweise kaum verändert, ihre Qualität bis heute unter Beweis stellen, während auf der anderen Seite weitaus jüngere Orgeln verändert oder gar abgebaut werden müssen, weil sie bestimmten Anforderungen oder dem Zeitgeschmack nicht mehr genügen? Das ist eine Frage, die man prinzipiell beantworten kann: In den vergangenen Zeiten waren die Orgeln oft den Kunstschätzen der Kirchen ebenbürtig, oder sollten es zumindest sein. Daher hat man die besten Orgelbauer und andere Künstler (wie etwa Kunstmaler, Schnitzer, Vergolder etc.) der jeweiligen Zeit verpflichtet, die aus den besten Materialien und mit größter Sorgfalt diese Instrumente bauten und schmückten. Diese Orgeln wurden zum Lobe Gottes gebaut, sie dienten Gott und der Gemeinde im Gottesdienst. Sie waren mit Sicherheit auch vielerorts Prestigeobjekt, bei deren Verwirklichung die Verantwortlichen oder auch Mäzene sich ein Denkmal errichteten, aus weltlichen Interessen vielleicht, oder aber um sich einen vermeintlich besseren Platz im Himmel zu sichern. Tatsache ist, dass diese hochwertigen Orgeln oft bis in unsere Tage überkommen sind.
Mancherorts gibt es wertvolle Instrumente von berühmten Orgelbauern, wie etwa von Arp Schnitger oder von Aristide Cavaille-Coll. Aber auch von vielen weniger bekannten Orgelbaumeistern existieren noch einige gut erhaltene Instrumente von hoher Qualität. Durch Kirchenvorstände, Pfarrer und Organisten, die allesamt Weitblick zeigten, und natürlich sachverständige Orgelbauer, haben diese Orgeln gute Pflege genossen und sind oftmals gegenüber den Begehrlichkeiten eines veränderten Musikgeschmacks erhalten worden. Manches Mal waren auch einfach nur mangelnde Finanzen der Grund, warum ein Instrument nicht durch eine Modernisierung „zerstört“ wurde.
Der Modernisierungswahn hat viele großartige Orgeln auf dem Gewissen. Die Orgelbauer jüngerer Zeiten waren meist überzeugt, es richtig zu machen und richteten damit teilweise nicht wieder zu behebende Schäden an. So wurden viele wertvolle Barockorgeln durch Umbau „romantisiert“ oder ganz zerstört, um ein romantisches Instrument zu errichten.
Aber auch die beiden Weltkriege forderten ihren Tribut: Pfeifen, besonders diejenigen, die im Prospekt und somit direkt zu sehen waren, mussten auf Grund des hohen Zinngehaltes des Materials für Rüstungszwecke abgegeben werden. Auch viele alte Glocken gingen diesen Weg. Die Zerstörung der Kirchen durch unmittelbare Kriegseinwirkungen tat ein Übriges. In den Zeiten des Wiederaufbaus waren Finanzen und Ressourcen knapp. Daher sind viele Neubauten aus der Nachkriegszeit mit sparsamen Materialien gebaut: Sperrholz, Plastik und Blech statt Massivholz und hochwertigem Orgelmetall; Papier, Schaumstoff und Pappe statt Leder oder Filz etc.
Die in den 1920er-Jahren einsetzende Orgelbewegung mit Rückbesinnung auf die alten Werte (von der romantischen Orchesterorgel nun wieder zurück zum Klangideal des Barock) hat ebenfalls Opfer hinterlassen: Nun wurden die romantischen Orgeln nach damals modernen Erkenntnissen „rehistorisiert“ oder zerstört und an ihre Stelle traten neobarocke Orgeln. Auch nach dem Zweiten Weltkrieg blieb man dem neobarocken Ideal weitgehend verpflichtet – dies auch aus finanziellen Gründen, da eine neobarocke Orgel preiswert zu bauen ist.